L'agent fédéral Ethan Burke reprend conscience, seul et blessé, en pleine rue à Wayward Pines, petite bourgade tranquille de l'Idaho. Partiellement amnésique, il se souvient être à la recherche de deux autres agents mystérieusement disparus dans la région. Il se rend vite compte qu'il n'a plus de papiers, ni de téléphone et, en dépit de ses efforts, il ne parvient à joindre ni sa femme, ni son supérieur, ni personne du monde extérieur. Il y a vraiment quelque chose de bizarre à Wayward Pines, comme chez ses habitants. Lorsqu'Ethan découvre le cadavre horriblement mutilé de l'un des agents qu'il recher- chait, l'étrangeté cède la place à un danger mortel.

Bienvenue à Wayward Pines, 461 âmes.
Nichée au coeur des montagnes Rocheuses, la petite bourgade revêt une apparence idyllique, si l'on oublie la clôture électrifiée qui l'entoure, la télésurveillance incessante et la puce électronique implantée de force à chaque habitant. Aucun de ces résidents ne sait d'ailleurs comment il est arrivé ici. Certains pensent qu'ils sont morts, d'autres qu'ils sont piégés dans une expérience scientifique et tous rêvent secrètement de s'échapper. Ethan Burke, le nouveau shérif est l'un des rares à connaître la vérité. Une vérité insupportable. Dès lors, comment libérer les habitants parmi lesquels se trouvent sa femme et son fils ?

Quand Jason Dessen se réveille, il se trouve dans un monde qui n'est pas le sien. Son épouse n'est plus son épouse, son fils n'est jamais né, un complet inconnu se prétend son ami de toujours. Et Jason n'est ici pas un simple professeur de physique, mais un véritable génie à l'origine d'une découverte époustouflante. La seule chose dont il se souvient, c'est qu'un soir, en rentrant chez lui, il a été kidnappé par un inconnu masqué auquel il a été impossible d'arracher la moindre explication. De toute manière, ce dernier lui a dit que même s'il lui expliquait tout, Jason refuserait d'y croire.

Voilà trois semaines que l'agent Ethan Burke est arrivé à Wayward Pines, Idaho. Dans cette ville les habitants se voient assigner un logement, un travail et parfois même une personne pour partager leur vie pendant qu'à l'école, on apprend à leurs enfants que David Pilcher, le fondateur de la ville, est leur Dieu. Bien entendu, personne n'est autorisé à quitter la ville, cernée par une immense clôture électrifiée. Ethan, lui, a découvert ce qui rôde au-delà de l'enceinte qui isole Wayward Pines du monde extérieur. C'est précisément cette menace qui est maintenant sur le point de submerger la ville et peut-être même d'annihiler l'humanité toute entière.

Logan Ramsey, agent fédéral, a pour mission de traquer les labos clandestins à l'origine de mutations génétiques désormais interdites depuis qu'une catastrophe a provoqué la mort de centaines de millions de personnes. Blessé au cours d'une opération en apparence banale, il s'aperçoit que son ADN a été modifié : ses capacités, physiques et intellectuelles sont démultipliées. Logan est devenu différent : il a été upgradé ! Emprisonné pour "sa propre sécurité", Logan réussit à s'enfuir. De chasseur, il devient chassé. Cherchant à découvrir l'origine de sa propre mutation génétique, il met à jour un complot mondial. Et si quelqu'un avait décidé d'upgrader l'humanité toute entière ? Peu importe le fait que près d'un milliard de vies humaines soient en jeu.

La réalité n'est qu'un souvenir.
Barry Sutton, flic désabusé de la police new-yorkaise, enquête sur une vague de suicides engendrée par le Syndrome des Faux Souvenirs, une maladie neurologique inexpliquée dont les victimes se remémorent une vie qu'ils n'ont jamais vécue.
Parallèlement, Helena Smith, une neurologue travaillant sur la mémoire, est recrutée par le richissime Marcus Slade pour développer un dispositif permettant d'enregistrer les souvenirs, officiellement pour lutter contre la maladie d'Alzheimer. Mais Slade comprend bientôt que cette invention peut faire bien plus que cela, et ses ambitions font peser sur la réalité elle-même un danger inouï.
Seuls Helena et Barry, en joignant leurs forces, ont une chance de l'arrêter...